卫生系统环境保护专项治理工作主要是医用污水达标排放、医疗固体废弃物的统一回收处理及一次性医疗用品的规范管理，福海县卫生局将专项治理工作作为环保工作的重中之重，制定了专项治理实施方案，有利地促进了专项治理工作的开展和推进。
    该县人民医院安装了H99－200型医疗污水处理器、配备二氧化氯消毒发生器一台，投资7万元左右，目前已成功达标排放污水、日处理量达40万立方。该院还对现有粪化池进行了改造，进一步确保污水达标排放。中医院和疾控中心也分别安装了H99-200型及HSo8-50型高效医疗污水处理设施，上述单位均经地区环境监测站验收监测合格并投入运行，现运转正常，达到了有效预防各类传染病的病菌处理要求。
    该县各医疗单位的医疗垃圾收集工作规范有序，首先有专人负责，打破了以往大家管、相互推、结果一团糟的局面；建立和落实各种医疗用品的用后处理制度，做到了管理上有制度可查，处理上有章可循；设置各种医疗用品的使用账册，将各种医疗用品的进货、使用、回收纳入规范化管理，该帐册清楚的记录了种类、来源、数量、处置方法和最终去向；各单位均统一配备了毁形器，一次性使用后的医疗用品由专人经严格的消毒、毁形、密封打包、密封堆放等规范化处理后能回收的由新疆康洁废旧物质处理有限责任公司统一回收处理，对不可回收的一次性医疗固体废弃物经规范化处理后，在固定焚烧池内焚烧处理。严禁将医疗垃圾混入生活垃圾，进一步明确了区分标准。