一是加快林业生态建设。全州现有林地1256.78万亩，其中山区天然林292.45万亩，荒漠灌木林盖度在0.3以上面积758万亩。天然林全部纳入国家天保工程，荒漠林实施森林生态效益补偿，天然林荒漠林得到了100％有效保护。西起玛纳斯县东到木垒县全长541公里，宽约2公里的大型防风固沙基干林，经过几年努力，现已建成110公里，局部地区风沙危害得到了有效控制，沙漠前移的态势有所减缓。农田防护林面积达24万亩，较上年增加13%，400万亩农田得到林网有效保护。
    二是加强草原生态建设。退牧还草三、四期工程投入9800万元，建设面积490万亩。在呼图壁、玛纳斯县山区夏草场开展了以草定畜平衡试点工作，在转场牧道设立检查站，对超出核定载畜量的牲畜不允许上山放牧，基本上控制了农区牲畜到山区草场放牧，有效地遏制了夏草场退化局面。在牧民定居点、养殖户饲草料基地及新开发草料地建设人工草地30万亩，人工草地面积比上年增加9.1%。
    三是加快水利建设。2006年完成水利投资8.2亿元，五零零西延干渠、大型灌区改造等一批重点水利工程相继完工并发挥效益。吉木萨尔县二工河小流域综合治理工程全面开工建设，阜康三工河和玛纳斯塔西河小流域综合治理二期项目通过国家验收，小流域水土保持监测工作正常开展。全州“新打机井”和“更新机井”实行计划指标控制。资源有偿利用、开发者保护、破坏者恢复、污染者付费的生态补偿机制试点推进
    四是加强农村生态环境保护工作。积极组织无公害农产品、绿色食品和生产基地申报认定、认证工作。累计认证无公害农产品生产基地40个，面积309.24万亩，认证农产品90个，面积223.25万亩。认证绿色食品18个，面积20万亩。从2005年起，州全面启动了机产品建设工作，截止到目前，全州共有有机产品建设基地22个，生产基地17个，面积2.6万亩。无公害、绿色、有机认证面积占全州总播面积的64％。消减了农业面源污染。同时，积极推进农村改水、改厕工作，妥善处理生活垃圾和污水，解决农村环境“脏、乱、差”的问题，创建环境优美乡镇、文明生态村工作取得新进展。目前，昌吉市六工镇成功创建为全疆首家国家环境优美乡镇；昌吉市大西渠镇；纳斯县乐土驿镇；阜康市九运街镇；图壁县五工台镇等乡镇申报自治区环境优美乡镇工作在深入开展。